Zbiór medali liczy ponad 1000 egzemplarzy. Najstarsze z nich pochodzą z XVIII w. Zbiór prezentuje polską i niemiecką sztukę medalierską XIX i XX w. Do najcenniejszych eksponatów zaliczyć można medal papieski Jana Pawła II z 1996 r., prezentowany w holu muzealnym.
Medal, 200-lecie odsieczy wiedeńskiej, 1883 r.
Medal, 50-lecie wybuchu powstania styczniowego, 1913 r.
Medal, uchwalenie Konstytucji Marcowej, 1921 r.
Medal, wystawa w Gorzowie Wielkopolskim, 1922 r. (Niemcy)
Medal, olimpiada w Berlinie, 1936 r. (Niemcy)
Medal, 550-lecie bitwy pod Grunwaldem, 1960 r.
Medal papieski Jana Pawła II, 1996 r. (Watykan)
Medal, wizyta Jana Pawła II w Gorzowie Wielkopolskim, 1997 r.
